税收是立国之本，没政府不看重税收的，而公司是如今的纳税大户，大大小小公司缴纳税款的金额惊人。但什么事情都不可能一直一帆风顺的，收税同样也会出现争议，出现纠纷的。因此，政府税务机关与公司之间如何处置税收争议非常重要。

现实日常，国家对税收有多看重是不需要多言的，对税务机关与公司之间出现争议该如何处置，早已经在法律上作出了明确的规定。

依据《中华人民共和国税收征收管理法》第八十八条规定：

纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，需要先根据税务机关的纳税决定缴纳或者解交税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议；对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院起诉。

当事人对税务机关的处罚决定、强制实行手段或者税收保全手段不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院起诉。

当事人对税务机关的处罚决定逾期不申请行政复议也不向人民法院起诉、又不履行的，作出处罚决定的税务机关可以采取本法第四十条规定的强制实行手段，或者申请人民法院强制实行。

这样来看，当公司与税务机关在纳税上发生争议的，可以根据以下方法进行处置：

１、公司不服税务机关征税决定的，如觉得收税错误、没按时退税、少退税等等，都要先根据税务机关的决定实行，该缴税的交税，能拿多少退税的先拿多少退税。

２、在公司根据税务机关的决定处置税款问题后，可以采集证据资料向上级税务机关申请行政复议，通过上级税务机关纠正征税问题，维护自己合法权益。但行政复议的结果，不是都对公司（当事人）有利的，也会保持原税务机关的处置决定。

３、当公司对行政复议结果不服的，可以采集证据资料，委托律师到法院提起诉讼，通过法律渠道维权。

当然了，法院诉讼只不过最后的选择，只有带协商、行政复议都无成效的时候，才会考虑用的维权方法。所以假如由于公司税收与税务机关发生争议的，最好先咨询专业公司法律师后，结合税务机关的反馈及专业律师的法律建议，决定采取比较合适的维权策略。